Romano Fenati heeft al wedstrijden gewonnen in de Moto3, maar staat niet bepaald bekend als sterk in de kwalificaties. De afgelopen GP’s ging het al stukken beter voor de Italiaan, maar in Japan behaalde hij voor het eerst in zijn carrière de pole position. Fenati rijdt in het Sky|VR-team, waarvan Valentino Rossi eigenaar is.
De tweede en derde tijd werden gereden door Miguel Oliveira en Jorge Navarro, maar zij werden door de wedstrijdleiding een rij naar achter gezet omdat ze in de kwalificatie te langzaam reden op de racelijn. Daardoor schuiven Enea Bastianini en Niccolo Antonelli een rij naar voren. De wedstrijdleiding kondigde donderdag al aan niet meer alleen tijdens de kwalificatie te controleren op gevaarlijk rijgedrag, maar ook in de vrije trainingen. Alexis Masbou en Jakub Kornfeil waren in de derde vrije training het haasje.
De straf voor Kornfeil betekent dat Livio Loi een plaatsje opschuift op de startgrid op de Twin Ring in Motegi. De Belg in dienst van RW Racing GP had al zijn beste kwalificatie van dit seizoen, met de negende tijd. Op de eerste dag was Loi zelfs al vierde. Loi reed zijn beste tijd halverwege de sessie en op dat moment was die tijd goed voor de tweede plaats. Hij kon zijn tijd echter niet meer nog verder verbeteren, maar was met de derde startrij al dik tevreden.
